Séminaire de la plateforme de Génomique Environnementale et Humaine (GEH), par Sophie MICHON-COUDOUEL et Marine BIGET



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Le 07/03/17 à 13h30, salle de conférences BIOSIT, Campus de Villejean, UR1

SmartChip Real Time PCR de Wafergen - Nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP

L’équipement SmartChip Real-time PCR de Wafergen, installé début 2016 sur la plateforme de génomique de Rennes, permet de réaliser des amplifications singleplex en nanolitre. Il permet le développement de nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP. Cet équipement est unique en France et c’est pourquoi, la plateforme GEH de Rennes est site de référence en France pour Wafergen. Le travail conduit autour des différents projets se fait donc en partenariat étroit avec les ingénieurs de Wafergen.

Les capacités très haut débit de cet équipement sont assurées par la puce SmartChip de Wafergen qui contient 5184 nano-puits et qui permet donc d’analyser jusqu’à 384 échantillons et 12 cibles d’intérêt en une seule expérience.

Le chargement des Smartchip se fait grâce au MultiSample NanoDispenser (MSND). Cet appareil contient des programmes de distribution offrant une grande flexibilité d’utilisation de la puce. Ainsi, 14 configurations peuvent être utilisée pour mener à bien un projet (par exemple, 12 gènes cibles vs 384 échantillons, 144 gènes cibles vs. 36 échantillons, …etc)

Les 3 grands champs d’application du Smartchip Real-Time PCR sont : gene expression, genotyping & target Enrichment.

Différents projets ont déjà été menés sur la plateforme (Analyse fonctionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques à partir d’échantillons de patients humains, quantification de gènes spécifiques du cycle de l’azote à partir d’échantillons environnementaux, études de gènes spécifique pour étude de génétique canine, préparation d’amplicon 18S (296 échantillons) à partir d’échantillons environnementaux, …)

Lors de cette session, la plateforme vous présentera donc l’équipement, les projets menés en son sein ainsi que les possibilités offertes par cet équipement.

Venez nombreux et n'hésitez pas à venir nous voir pour plus d'information.

 

MSND WafergenCycler WafergenPuce Waf








Cet article est de GEH
https://geh.univ-rennes1.fr/news/seminaire-de-la-plateforme-de-genomique-environnementale-et-humaine-geh-biosit.html