Conduite de Projet en Génomique (CPG)



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Le personnel réalise la conduite de projet, la production de banques et la réalisation de séquençage haut débit.

Le personnel de la plate-forme réalise la conduite de projet, la production de banques et la réalisation de séquençage haut débit (HiSeq, MiSeq - Illumina) à partir de vos échantillons, suivie d'une analyse bioinformatique de nettoyage de données.

Pour déposer un projet ou pour tous renseignements plus détaillés (premier contact), nous vous demandons de renseigner une "fiche T.Ki" (contact, coordonnées, informations sur le projet) et de nous l’adresser à @.

Quels utilisateurs ?

La plate-forme de Génomique Environnementale et Humaine est ouverte à la communauté scientifique de Biogenouest, et, plus largement, aux laboratoires académiques Français et étrangers, et au domaine privé (nous contacter pour mise en place d'un contrat selon un modèle type).

Les applications offertes par la plateforme sont :

Préparation de librairies et séquençage :
- génome, métagénome (DNAseq), transcriptome,  metatranscriptome (RNAseq, déplété ou non)
- snRNA,
- Epigénétique (ChIP-Seq, Methyl-Seq)
- ADN capturé
- Amplicons pour analyse de diversité inter ou infraspecifique, recherche de mutations
- Multiplexage profond des matrices d'ADN à séquencer

Des développements originaux non listés ci dessus sont en cours pour élargir encore l'offre de séquençage. N'hésitez pas à contacter la plateforme.

Analyse des demandes de séquençage déposées auprès de la plateforme et devis, paiement facturation :

Après analyse de la "fiche T.Ki" complétée, la faisabilité du projet est examinée par l’équipe de la plateforme GEH.

Quand le projet est suffisamment abouti et clairement défini, une fiche d'engagement Conduite de Projet en Génomique (CPG) et un devis sont édités. Le projet débute dès réception des documents signés.

Si une demande ne peut pas être prise en charge (calendrier d'occupation machine, développements non effectués...), la plate-forme peut proposer que le projet de séquençage soit pris en charge par une autre plate-forme de Biogenouest Génomique.


Données produites, mise à disposition, confidentialité :

Les données produites, après la réalisation des étapes de prétraitement requises, sont mises à disposition du responsable du projet, de manière sécurisée (identifiant + mot de passe unique) sur un site ftp. Après le rendu des résultats, les données traitées sont stockées de manière sécurisée pendant trois mois.

Toutes les informations liées au projet sont préservées dans le respect de règles de confidentialité. Un bilan d'activité annuel fait cependant état des projets réalisés (titre) et indique les porteurs de projet (nom). Ces 2 informations peuvent être masquées sur demande.


Attention 2 MiniDocuments nécessaires à la réalisation d'un projet :
fiche T.Ki : se référer à l'onglet Documents