Janvier 2018 : nouveaux protocoles automatisés de préparation de librairies NGS sur le BRAVO


 Olivier Troccaz    02/02/2018 : 09:09

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2 nouveaux protocoles de préparation de librairies NGS :

2 nouveaux protocoles de préparation de librairies NGS :

—> KAPA Hyper Prep Kit DNA (1 ng - 1 ug)

—> KAPA Hyper Plus Kit DNA (1 ng - 1 ug)

1 nouveau protocole de capture Exome pour séquençage Illumina :

—> AGILENT SureSelect QXT library prep et capture (50 ng)
 

Protocoles déjà disponibles : Agilent SureSelect XT (200 ng) et Purification sur billes AMPure XT
 

Protocoles à venir très prochainement : NEBNext Ultra II DNA (500 pg - 1 ug) et NEBNext Ultra II RNA (10 ng - 1 ug)


12 & 13/12/17 - Journées ECOSCOPE AnaEE


 Olivier Troccaz    09/01/2018 : 08:54

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12&13/12/17- Présentation de la génomique environnementale sur la plateforme GEH via le réseau AnaEE – Asiem, Paris 7è

12&13/12/17- Présentation de la génomique environnementale sur la plateforme GEH via le réseau AnaEE – Asiem, Paris 7è


Dans le cadre des journées ECOSCOPE « Données et évaluation de la biodiversité - Quels enjeux, quels défis ? », Christian Mougin (INRA, AgroParisTech) a présenté les services et domaines d’expertise de la plateforme GEH (via le réseau AnaEE) dans le domaine de la Génomique Environnementale.

Le poster présenté lors de ces journées est disponible via le lien suivant : Poster Journées ECOSCOPE


18/09/17- Présentation de 3 Technologies de Séquençage massif



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18/09/17- Présentation de 3 Technologies de Séquençage massif

18/09/17- Présentation de 3 Technologies de Séquençage massif - 14h00 - Salle conférence OSUR- Campus Beaulieu

Dans le cadre de l'activité de la plateforme GEH et de la réflexion prospective qu'elle a engagé, une seconde après midi de veille technologique dédiée à la présentation de 3 technologies de séquençage massif (Oxford Nanopore, PacificBioSciences and Illumina) est organisée salle de conférences de l'OSUR le 18 septembre après-midi dès 14h00.

Venez Nombreux !

La plateforme GEH


Fermeture estivale de la plateforme GEH


 Olivier Troccaz    20/07/2017 : 09:07

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Bonnes vacances !

La plateforme GEH sera fermée (vacances annuelles d'été) du 31 Juillet au 21 Aout inclus.

pour toutes questions/informations, merci de nous envoyer un email à l'adresse @, nous vous répondrons dès notre retour.

Bon été

La plateforme GEH!


Nouvelle phase de la veille technologique organisée par la plateforme GEH



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12/07/17 - Présentation du système FEMTO pulse

Dans le cadre d'une nouvelle phase de la veille technologique organisée par la plateforme génomique environnementale et humaine, nous nous intéresserons ce mercredi 12 juillet à une nouvelle technologie d'extraction d'ADNs longs. Nous aurons une présentation du système FEMTO pulse (prix de l'innovation 2016 R&D100).

Rendez vous donc ce mercredi 12 juillet à 14h, campus beaulieu, bat OSUR, salle de conférences.


Présentation



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Fusion des plateformes 'Génomique Environnementale et Fonctionnelle' et 'Génomique Santé'

La plate-forme Génomique Environnementale et Humaine (fusion des plate-formes 'Génomique Environnementale et Fonctionnelle' et 'Génomique Santé') propose la réalisation et l'accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu'à l'analyse primaire bio-informatique des données générées par les équipements dédiés au NGS (Next Generation Sequencing).

La plate-forme bénéficie d'un environnement scientifique mêlant le domaine de l'écologie au domaine de la santé. Ce volontarisme et la vision associée offre des réflexions originales et des transferts de connaissance et de savoir-faire réciproques aux 2 domaines. D'autre part, ce positionnement scientifique de la plateforme est stimulant pour le développement de méthodologies innovantes.

 

La plate-forme Génomique Environnementale et Humaine est dirigée par Philippe Vandenkoornhuyse et Jean Mosser et sous la responsabilité technique de Sophie Michon-Coudouel et de Marc Aubry.

Un comité de pilotage se réuni périodiquement pour discuter des orientations stratégiques prospectives de la plateforme et présenter les développements réalisés et ceux envisagés.

La plate-forme est physiquement implantée sur les deux campus universitaires de Rennes.
Pour plus d'informations, se référer à contact/adresse.

 

La plate-forme GEH est dotée d'équipements de séquençage de 2ème génération (Illumina MiSeq, HiSeq) et d'un grand nombre d'équipements satellites nécessaires à la préparation, la quantification et à la vérification de la qualité des librairies d'échantillons.
Pour plus de détails, se référer à Équipements.
 
 

Labellisation Ibisa

 
La plate-forme GEH (composante de Biogenouest génomique) est labellisée Ibisa depuis avril 2012.
 
 

Certification ISO9001

 
Après un audit par LRQA les 15 et 16 novembre 2016, la plate-forme a de nouveau obtenu la certification qualité ISO 9001 version 2008 le 2 décembre 2016.
 
 
Quels avantages pour les utilisateurs de la plate-forme ?
 
La certification ISO 9001 du système de management de la plate-forme est une garantie de son aptitude à fournir régulièrement un produit conforme aux exigences de ses utilisateurs et de son engagement dans l’accroissement de la satisfaction de ses utilisateurs par l'application efficace du système, et en particulier, la mise en œuvre d’un processus d'amélioration continue.
 
La certification plus en détails
 
La plate-forme est certifiée pour ses activités de conduite de projet en génomique (CPG) et mise à disposition d'équipement (MAD). Vous pouvez prendre connaissance des engagements et de la politique Qualité de Biogenouest Génomique en consultant son Manuel qualité.


La politique qualité de Biogenouest Génomique est définie par son comité de direction. Elle fait l'objet d'une revue annuelle afin de déployer des orientations nouvelles si besoin et d'améliorer l’efficacité du système de management de la qualité.

Pour plus d'informations, se référer à Documents.

 

 
 
Biogenouest Logo Ibisa Logo UR1 Logo CNRS ISO 9001
 

 


Conduite de Projet en Génomique (CPG)



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Le personnel réalise la conduite de projet, la production de banques et la réalisation de séquençage haut débit.

Le personnel de la plate-forme réalise la conduite de projet, la production de banques et la réalisation de séquençage haut débit (HiSeq, MiSeq - Illumina) à partir de vos échantillons, suivie d'une analyse bioinformatique de nettoyage de données.

Pour déposer un projet ou pour tous renseignements plus détaillés (premier contact), nous vous demandons de renseigner une "fiche T.Ki" (contact, coordonnées, informations sur le projet) et de nous l’adresser à @.

Quels utilisateurs ?

La plate-forme de Génomique Environnementale et Humaine est ouverte à la communauté scientifique de Biogenouest, et, plus largement, aux laboratoires académiques Français et étrangers, et au domaine privé (nous contacter pour mise en place d'un contrat selon un modèle type).

Les applications offertes par la plateforme sont :

Préparation de librairies et séquençage :
- génome, métagénome (DNAseq), transcriptome,  metatranscriptome (RNAseq, déplété ou non)
- snRNA,
- Epigénétique (ChIP-Seq, Methyl-Seq)
- ADN capturé
- Amplicons pour analyse de diversité inter ou infraspecifique, recherche de mutations
- Multiplexage profond des matrices d'ADN à séquencer

Des développements originaux non listés ci dessus sont en cours pour élargir encore l'offre de séquençage. N'hésitez pas à contacter la plateforme.

Analyse des demandes de séquençage déposées auprès de la plateforme et devis, paiement facturation :

Après analyse de la "fiche T.Ki" complétée, la faisabilité du projet est examinée par l’équipe de la plateforme GEH.

Quand le projet est suffisamment abouti et clairement défini, une fiche d'engagement Conduite de Projet en Génomique (CPG) et un devis sont édités. Le projet débute dès réception des documents signés.

Si une demande ne peut pas être prise en charge (calendrier d'occupation machine, développements non effectués...), la plate-forme peut proposer que le projet de séquençage soit pris en charge par une autre plate-forme de Biogenouest Génomique.


Données produites, mise à disposition, confidentialité :

Les données produites, après la réalisation des étapes de prétraitement requises, sont mises à disposition du responsable du projet, de manière sécurisée (identifiant + mot de passe unique) sur un site ftp. Après le rendu des résultats, les données traitées sont stockées de manière sécurisée pendant trois mois.

Toutes les informations liées au projet sont préservées dans le respect de règles de confidentialité. Un bilan d'activité annuel fait cependant état des projets réalisés (titre) et indique les porteurs de projet (nom). Ces 2 informations peuvent être masquées sur demande.


Attention 2 MiniDocuments nécessaires à la réalisation d'un projet :
fiche T.Ki : se référer à l'onglet Documents


La Mise à Disposition des équipements (MAD)



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Mise à disposition d'équipements en libre-service après habilitation et selon des clauses définies.

La plate-forme GEH met à disposition de l’utilisateur des équipements en libre-service après habilitation et selon les clauses détaillées ci-dessous.

Une habilitation est nécessaire avant toute utilisation d’un équipement de la plate-forme, uniquement dispensée par le personnel de la plate-forme après formation de l’utilisateur. La plate-forme se réserve le droit de revoir l’habilitation d’un utilisateur en cas d’évolution importante de l’équipement ou de non-utilisation de l’équipement pendant une période prolongée.

Un outil de réservation en ligne des équipements est accessible sur le site Internet de la plate-forme (cliquer ici). Des identifiants, permettant de vous connecter vous seront communiqués par le personnel PF. La réservation des équipements, préalablement à leur utilisation, est obligatoire et doit être conforme au temps d’utilisation réel des équipements. En cas de réservation abusive, le personnel de la plate-forme peut modifier les plages réservées et imposer des horaires afin de permettre à d’autres utilisateurs d’utiliser l’équipement.

Toute personne accédant aux laboratoires de la plate-forme doit faire l'objet d'une authentification auprès du personnel de la plate-forme. L’invitation de personnes accompagnantes est possible sous réserve qu'elle soit validée par le personnel PF avant l'accès aux laboratoires.

Un mode opératoire et/ou une notice d’utilisation de l’équipement sont mis à disposition des utilisateurs. L’utilisateur peut faire appel au personnel de la plate-forme s’il rencontre des difficultés pour l’utilisation de l’équipement. La plate-forme s’engage au bon fonctionnement des équipements en libre service, sous condition du respect par l’utilisateur du mode opératoire en vigueur.

Le bon fonctionnement des équipements en libre-service dépend du respect des consignes d’utilisation et du soin apporté à leur maintenance. Toute réparation ou tout remplacement dû à une quelconque dégradation des équipements résultant d’une erreur ou du non respect des règles d’utilisation est à la charge de l’unité ou de l’organisme de rattachement de l’utilisateur responsable de la dégradation.

A la fin de l'utilisation de l'équipement et/ou tous les 6 mois, un devis sera établi à l'utilisateur sur la base des consommables utilisés.

Attention 2 MiniLa liste des équipements MAD : voir l'onglet Équipements et les appareils mis en évidence.

Pour être formé à l'utilisation d'un équipement ou pour tous renseignements plus détaillés (premier contact), nous vous demandons de renseigner une "fiche T.Ki" et de nous l’adresser à @.

La liste des équipements MAD ouverts aux utilisateurs habilités et les tarifs associés sont présentés ci après : Tarifs MAD 2018

 

Confidentialité :

Toutes les informations générées qui resteraient stockées sont préservées dans le respect de règles de confidentialité, par les utilisateurs comme par le personnel plate-forme.

 

L’outil de réservation en ligne SyGRRiF vous permet de réserver les équipements de la plate-forme et est accessible depuis l’onglet Réservations.


Équipements


 Olivier Troccaz    09/11/2015 : 08:25

Les équipements dont la plate-forme dispose