12 & 13/12/17 - Journées ECOSCOPE AnaEE



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12&13/12/17- Présentation de la génomique environnementale sur la plateforme GEH via le réseau AnaEE – Asiem, Paris 7è

12&13/12/17- Présentation de la génomique environnementale sur la plateforme GEH via le réseau AnaEE – Asiem, Paris 7è


Dans le cadre des journées ECOSCOPE « Données et évaluation de la biodiversité - Quels enjeux, quels défis ? », Christian Mougin (INRA, AgroParisTech) a présenté les services et domaines d’expertise de la plateforme GEH (via le réseau AnaEE) dans le domaine de la Génomique Environnementale.

Le poster présenté lors de ces journées est disponible via le lien suivant : Poster Journées ECOSCOPE


18/09/17- Présentation de 3 Technologies de Séquençage massif



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18/09/17- Présentation de 3 Technologies de Séquençage massif

18/09/17- Présentation de 3 Technologies de Séquençage massif - 14h00 - Salle conférence OSUR- Campus Beaulieu

Dans le cadre de l'activité de la plateforme GEH et de la réflexion prospective qu'elle a engagé, une seconde après midi de veille technologique dédiée à la présentation de 3 technologies de séquençage massif (Oxford Nanopore, PacificBioSciences and Illumina) est organisée salle de conférences de l'OSUR le 18 septembre après-midi dès 14h00.

Venez Nombreux !

La plateforme GEH


Fermeture estivale de la plateforme GEH


 Olivier Troccaz    20/07/2017 : 09:07

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Bonnes vacances !

La plateforme GEH sera fermée (vacances annuelles d'été) du 31 Juillet au 21 Aout inclus.

pour toutes questions/informations, merci de nous envoyer un email à l'adresse @, nous vous répondrons dès notre retour.

Bon été

La plateforme GEH!


Nouvelle phase de la veille technologique organisée par la plateforme GEH



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12/07/17 - Présentation du système FEMTO pulse

Dans le cadre d'une nouvelle phase de la veille technologique organisée par la plateforme génomique environnementale et humaine, nous nous intéresserons ce mercredi 12 juillet à une nouvelle technologie d'extraction d'ADNs longs. Nous aurons une présentation du système FEMTO pulse (prix de l'innovation 2016 R&D100).

Rendez vous donc ce mercredi 12 juillet à 14h, campus beaulieu, bat OSUR, salle de conférences.


30 Mai 2017 - Présentation de la société OXFORD NANOPORE



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MinION-Séquençage long-read et épigénétique - Rennes , 11h, Campus de Villejean, Bat.8

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Equipement SmartChip Real-Time PCR de Wafergen



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De Juin à Novembre 2017, diminution d’environ 100€ par puce pour l’application gene expression

(High-throughput qPCR en SYBR Green)

 

Pour rappel, l’équipement SmartChip Real-Time PCR permet de réaliser des amplifications singleplex en nanolitre.

Il permet le développement de nouvelles applications pour les NGS (Target Enrichment one step), pour l'analyse fonctionnelle (gene expression) et pour le génotypage SNP.

Cet équipement est unique en France et c’est pourquoi, la plateforme GEH de Rennes est site de référence en France pour Wafergen

A noter que le coût par puce varie en fonction de la configuration (14 configurations au total) car chacune des configurations n’utilise pas le même volume de SYBR Green.

Le prix par puce ne prend pas en compte le coût de synthèse des oligonucléotides.

Pour plus de détails sur le prix d’une puce, merci de contacter les ingénieurs de la plateforme GEH: @


La plateforme GEH participe à Gen2Bio 2017



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Le 14/03/17, 10ème congrès Gen2Bio à Nantes (cité des congrès)

La plateforme GEH participe à Gen2Bio 2017

10ème congrès Gen2Bio à Nantes (cité des congrès)

Présentation lors de ce congrès :
"Application du Smartchip System de Wafergen pour la préparation de banques amplicons" par Marine Biget et Sophie Michon-Coudouel (CNRS UMS 3343 OSUR, plate-forme Génomique Environnementale et Humaine, Rennes).
Utilisation des capacités haut débit du Smartchip System (Wafergen) pour la réalisation de banques d’amplicons 16S/18S jusqu’à 384 échantillons par puce Smartchip. Adaptation de l’application « Target Enrichment » proposée par Wafergen

Pour informations et insciption à Gen2Bio :
https://www.biogenouest.org/contenu/gen2bio


Séminaire de la plateforme de Génomique Environnementale et Humaine (GEH), par Sophie MICHON-COUDOUEL et Marine BIGET



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Le 07/03/17 à 13h30, salle de conférences BIOSIT, Campus de Villejean, UR1

SmartChip Real Time PCR de Wafergen - Nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP

L’équipement SmartChip Real-time PCR de Wafergen, installé début 2016 sur la plateforme de génomique de Rennes, permet de réaliser des amplifications singleplex en nanolitre. Il permet le développement de nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP. Cet équipement est unique en France et c’est pourquoi, la plateforme GEH de Rennes est site de référence en France pour Wafergen. Le travail conduit autour des différents projets se fait donc en partenariat étroit avec les ingénieurs de Wafergen.

Les capacités très haut débit de cet équipement sont assurées par la puce SmartChip de Wafergen qui contient 5184 nano-puits et qui permet donc d’analyser jusqu’à 384 échantillons et 12 cibles d’intérêt en une seule expérience.

Le chargement des Smartchip se fait grâce au MultiSample NanoDispenser (MSND). Cet appareil contient des programmes de distribution offrant une grande flexibilité d’utilisation de la puce. Ainsi, 14 configurations peuvent être utilisée pour mener à bien un projet (par exemple, 12 gènes cibles vs 384 échantillons, 144 gènes cibles vs. 36 échantillons, …etc)

Les 3 grands champs d’application du Smartchip Real-Time PCR sont : gene expression, genotyping & target Enrichment.

Différents projets ont déjà été menés sur la plateforme (Analyse fonctionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques à partir d’échantillons de patients humains, quantification de gènes spécifiques du cycle de l’azote à partir d’échantillons environnementaux, études de gènes spécifique pour étude de génétique canine, préparation d’amplicon 18S (296 échantillons) à partir d’échantillons environnementaux, …)

Lors de cette session, la plateforme vous présentera donc l’équipement, les projets menés en son sein ainsi que les possibilités offertes par cet équipement.

Venez nombreux et n'hésitez pas à venir nous voir pour plus d'information.

 

MSND WafergenCycler WafergenPuce Waf


Séminaire de la plateforme de Génomique Environnementale et Humaine (GEH), par Sophie MICHON-COUDOUEL et Marine BIGET



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Le 27/01/17 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

SmartChip Real Time PCR de Wafergen - Nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP

L’équipement SmartChip Real-time PCR de Wafergen, installé début 2016 sur la plateforme de génomique de Rennes, permet de réaliser des amplifications singleplex en nanolitre. Il permet le développement de nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP. Cet équipement est unique en France et c’est pourquoi, la plateforme GEH de Rennes est site de référence en France pour Wafergen. Le travail conduit autour des différents projets se fait donc en partenariat étroit avec les ingénieurs de Wafergen.

Les capacités très haut débit de cet équipement sont assurées par la puce SmartChip de Wafergen qui contient 5184 nano-puits et qui permet donc d’analyser jusqu’à 384 échantillons et 12 cibles d’intérêt en une seule expérience.

Le chargement des Smartchip se fait grâce au MultiSample NanoDispenser (MSND). Cet appareil contient des programmes de distribution offrant une grande flexibilité d’utilisation de la puce. Ainsi, 14 configurations peuvent être utilisée pour mener à bien un projet (par exemple, 12 gènes cibles vs 384 échantillons, 144 gènes cibles vs. 36 échantillons, …)

Les 3 grands champs d’application du Smartchip Real-Time PCR sont : gene expression, genotyping & target Enrichment.

Différents projets ont déjà été menés sur la plateforme (Analyse fonctionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques à partir d’échantillons de patients humains, quantification de gènes spécifiques du cycle de l’azote à partir d’échantillons environnementaux, études de gènes spécifique pour étude de génétique canine, préparation d’amplicon 18S (296 échantillons) à partir d’échantillons environnementaux, …)

Lors de cette session, la plateforme vous présentera donc l’équipement, les projets menés en son sein ainsi que les possibilités offerte par cet équipement.

Venez nombreux et n'hésitez pas à venir nous voir pour plus d'information


Meilleurs vœux 2017 !!!


 Olivier Troccaz    05/01/2017 : 09:47

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L'ensemble du personnel de la plateforme GEH vous présente ses meilleurs vœux pour 2017.

L'ensemble du personnel de la plateforme GEH vous présente ses meilleurs vœux pour 2017.