La plateforme GEH participe à Gen2Bio 2017



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Le 14/03/17, 10ème congrès Gen2Bio à Nantes (cité des congrès)

La plateforme GEH participe à Gen2Bio 2017

10ème congrès Gen2Bio à Nantes (cité des congrès)

Présentation lors de ce congrès :
"Application du Smartchip System de Wafergen pour la préparation de banques amplicons" par Marine Biget et Sophie Michon-Coudouel (CNRS UMS 3343 OSUR, plate-forme Génomique Environnementale et Humaine, Rennes).
Utilisation des capacités haut débit du Smartchip System (Wafergen) pour la réalisation de banques d’amplicons 16S/18S jusqu’à 384 échantillons par puce Smartchip. Adaptation de l’application « Target Enrichment » proposée par Wafergen

Pour informations et insciption à Gen2Bio :
https://www.biogenouest.org/contenu/gen2bio


Séminaire de la plateforme de Génomique Environnementale et Humaine (GEH), par Sophie MICHON-COUDOUEL et Marine BIGET



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Le 07/03/17 à 13h30, salle de conférences BIOSIT, Campus de Villejean, UR1

SmartChip Real Time PCR de Wafergen - Nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP

L’équipement SmartChip Real-time PCR de Wafergen, installé début 2016 sur la plateforme de génomique de Rennes, permet de réaliser des amplifications singleplex en nanolitre. Il permet le développement de nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP. Cet équipement est unique en France et c’est pourquoi, la plateforme GEH de Rennes est site de référence en France pour Wafergen. Le travail conduit autour des différents projets se fait donc en partenariat étroit avec les ingénieurs de Wafergen.

Les capacités très haut débit de cet équipement sont assurées par la puce SmartChip de Wafergen qui contient 5184 nano-puits et qui permet donc d’analyser jusqu’à 384 échantillons et 12 cibles d’intérêt en une seule expérience.

Le chargement des Smartchip se fait grâce au MultiSample NanoDispenser (MSND). Cet appareil contient des programmes de distribution offrant une grande flexibilité d’utilisation de la puce. Ainsi, 14 configurations peuvent être utilisée pour mener à bien un projet (par exemple, 12 gènes cibles vs 384 échantillons, 144 gènes cibles vs. 36 échantillons, …etc)

Les 3 grands champs d’application du Smartchip Real-Time PCR sont : gene expression, genotyping & target Enrichment.

Différents projets ont déjà été menés sur la plateforme (Analyse fonctionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques à partir d’échantillons de patients humains, quantification de gènes spécifiques du cycle de l’azote à partir d’échantillons environnementaux, études de gènes spécifique pour étude de génétique canine, préparation d’amplicon 18S (296 échantillons) à partir d’échantillons environnementaux, …)

Lors de cette session, la plateforme vous présentera donc l’équipement, les projets menés en son sein ainsi que les possibilités offertes par cet équipement.

Venez nombreux et n'hésitez pas à venir nous voir pour plus d'information.

 

MSND WafergenCycler WafergenPuce Waf


Séminaire de la plateforme de Génomique Environnementale et Humaine (GEH), par Sophie MICHON-COUDOUEL et Marine BIGET



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Le 27/01/17 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

SmartChip Real Time PCR de Wafergen - Nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP

L’équipement SmartChip Real-time PCR de Wafergen, installé début 2016 sur la plateforme de génomique de Rennes, permet de réaliser des amplifications singleplex en nanolitre. Il permet le développement de nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP. Cet équipement est unique en France et c’est pourquoi, la plateforme GEH de Rennes est site de référence en France pour Wafergen. Le travail conduit autour des différents projets se fait donc en partenariat étroit avec les ingénieurs de Wafergen.

Les capacités très haut débit de cet équipement sont assurées par la puce SmartChip de Wafergen qui contient 5184 nano-puits et qui permet donc d’analyser jusqu’à 384 échantillons et 12 cibles d’intérêt en une seule expérience.

Le chargement des Smartchip se fait grâce au MultiSample NanoDispenser (MSND). Cet appareil contient des programmes de distribution offrant une grande flexibilité d’utilisation de la puce. Ainsi, 14 configurations peuvent être utilisée pour mener à bien un projet (par exemple, 12 gènes cibles vs 384 échantillons, 144 gènes cibles vs. 36 échantillons, …)

Les 3 grands champs d’application du Smartchip Real-Time PCR sont : gene expression, genotyping & target Enrichment.

Différents projets ont déjà été menés sur la plateforme (Analyse fonctionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques à partir d’échantillons de patients humains, quantification de gènes spécifiques du cycle de l’azote à partir d’échantillons environnementaux, études de gènes spécifique pour étude de génétique canine, préparation d’amplicon 18S (296 échantillons) à partir d’échantillons environnementaux, …)

Lors de cette session, la plateforme vous présentera donc l’équipement, les projets menés en son sein ainsi que les possibilités offerte par cet équipement.

Venez nombreux et n'hésitez pas à venir nous voir pour plus d'information


Meilleurs vœux 2017 !!!


 Olivier Troccaz    05/01/2017 : 09:47

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L'ensemble du personnel de la plateforme GEH vous présente ses meilleurs vœux pour 2017.

L'ensemble du personnel de la plateforme GEH vous présente ses meilleurs vœux pour 2017.


14/12/16 - Journée d'animation sur le thème 'microbiome'



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Journée d'animation sur le thème 'microbiome'

La plateforme Génomique environnementale et humaine organise avec Biogenouest Génomique et Biogenouest Bioinformatique une journée d'animation sur le thème 'microbiome' le 14 décembre à l'INRIA de Rennes.

Voir le site web dédié


EpiBrest 2016



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La plateforme GEH participe au congrès EpiBrest 2016 le 7, 8 et 9 décembre 2016 à Brest.

La plateforme GEH participe au congrès EpiBrest 2016 le 7, 8 et 9 décembre 2016 à Brest.

EpiBrest est organisé par le Réseau Epigénétique du Cancéropôle Grand Ouest.

 

Durant cette rencontre, de nombreux chercheurs, étudiants, cliniciens et industriels vont exposer et discuter de projets et recherches menés sur le thème de l’épigénétique du domaine de la biologie marine à celui de la médecine humaine. Ils discuteront également des nouveaux aspects cliniques associés aux maladies auto-immunes, à celles du métabolisme et aux traitements des cancers

 

Durant ce congrès la plateforme présentera son activité et les techniques développées en son sein. Les nouveaux équipements disponibles ainsi que les perspectives seront également détaillés lors d’une présentation le 07 décembre 2016 durant le session « Platform and industrial session »

 

Pour plus d’information, vous pouvez consulter le site du congrès :

http://www.repicgo.fr/index.php/program-247.html


Le 9 septembre 2016, la plateforme GEH participe à la journée 10ème rencontre de la Recherche - fondation Rennes 1



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Echanges autour de LA RECHERCHE BIOMEDICALE À RENNES 1 et son interaction avec les entreprises en lien avec l’innovation.

Echanges autour de LA RECHERCHE BIOMEDICALE À RENNES 1 et son interaction avec les entreprises en lien avec l’innovation. Le thème central de cette 10ème édition est "Cancer et Innovation : une nouvelle chaire fondation ".

Les différents intervenants ont présenté leurs travaux et rôles au sein de la recherche médicale.

Les enjeux de médecine personnalisée mettent en lumière l'importance et l’intérêt de la génétique des cancers et donc du screening par séquençage à haut Débit des tumeurs.

Les plateformes, dont la plateforme GEH, a exposé un poster lors d'une session d'échange entre laboratoires, plateformes et industriels.

https://fondation.univ-rennes1.fr/actualite/cancer-et-innovation-une-nouvelle-chaire-fondation


La plateforme intègre l'infrastructure nationale 'AnaEE-France'



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La plateforme intègre l'infrastructure nationale 'AnaEE-France'

La plateforme intègre l'infrastructure nationale 'AnaEE-France' pour la production de données de séquençage massif et de quantifications de gènes à haut débit.

AnaEE France


Membres de la plateforme génomique environnementale et humaine


 Olivier Troccaz    13/06/2016 : 09:50

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GEH2016

De gauche à droite et de bas en haut :

Sophie Michon-Coudouel, Régis Bouvet, Amandine Etcheverry, Jean Mosser, Philippe Vandenkoornhuyse, July Hémon, Marine Biget et Marc Aubry.