26/03/18 - Développements Amplicons 16S et 18S Haut Débit – présentation lors du congrès Gen2Bio 2018


 Olivier Troccaz    27/03/2018 : 08:43

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La préparation haut débit des banques amplicon 16S et 18S en une seule étape de PCR ("One-step Target Enrichment") est en développement au sein de la plateforme GEH depuis bientôt 1 ans.

La préparation haut débit des banques amplicon 16S et 18S en une seule étape de PCR ("One-step Target Enrichment") est en développement au sein de la plateforme GEH depuis bientôt 1 ans.
La dernière phase de validation est en cours (1er semestre 2018) 

Le principe de ce développement repose sur l'utilisation des capacités haut débit uniques du SmartChip Real Time PCR System (Takara) pour la réalisation de banques d’amplicons 16S et 18S jusqu’à 384 échantillons par puce SmartChip et l’application optimisée du « Target Enrichment ». Utilisation de la pleine puissance de l’équipement via l’obtention des « bridges spécifiques » de Takara pour la réalisation des 384 amplicons en seulement une étape de PCR.

La plateforme GEH propose également l’analyse de la diversité microbienne (obtention de table de contingence) via l’utilisation d’un pipeline d’analyse FROGS (Escudié et al. 2017) des données par séquençage NGS.

Lors du congrès Gen2Bio 2018 qui a eu lieu à Rennes (au Couvent des Jacobins) le 22 Mars 2018, la plateforme GEH a présenté cette technologie, les tests réalisés et l’avancement de ce développement. Vous pouvez retrouver le support de la présentation via le lien suivant.

Gen2Bio 2018





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